Nacido y criado en el barrio Yira Castro de la ciudad de Cali, el pequeño Giovanni pasaba sus días corriendo detrás de una pelota, quizás por diversión, por pasión, o para "escapar" un rato de aquella noble y humilde casa que compartía con su mamá, abuela y tíos. "Gio", solía jugar en una cancha de fútbol escasa de grama, conocida por la gente de los alrededores co Tanta habilidad era demasiada para el Boca Juniors, una reconocida escuela caleña de fútbol , por eso se descontaba su pasó a un club profesional. Es así como llega la posibilidad de ingresar en las filas del Once Caldas. Con el dinero que ganaba en el equipo de Manizales apenas si cubría sus gastos. Por fortuna, sus "lujos" en la cancha no tardaron en interesar al América de Cali, su segundo equipo.
Luego, su fútbol pasó por otros dos importantes clubes de su país, Independiente Medellín y Deportivo Cali. Casi por decantación, la "10" de la Selección Colombia le llegó en el momento justo, casaca con la cuál llevó al combinado "cafetero" a alzar el primer, y único, título internacional a nivel de la Conmebol: la Copa América 2001, disputada precisamente en Colombia.
Giovanni Hernández, fue el primer futbolista colombiano en ponerse la camiseta número "10" del combinado patrio, déspues del retiro internacio Giovanni Hernández hizo sus primeras apariciones en el fútbol profesional colombiano de 1993 con el Once Caldas, donde permaneció hasta el campeonato colombiano de 1994. Al siguiente año, su fútbol deslumbra al Amèrica de Cali donde llega para hacer parte del equipo que en 1996 cayó en la final de la Copa Libertadores ante River Plate de Argentina.
Su carrera continuó en Independiente Medellín hasta el campeonato de 1999. En el año 2000 regresa a la ciudad de Calí, pero esta vez para jugar con el Deportivo Cali. Fue en esta temporada donde tuvo una buena actuación, logrando doce goles en el torneo doméstico. nal de Carl En el 2001, Giovanni Hernández es convocado al seleccionado nacional colombiano. Inicialmente, el "principito" fue llamado para un amistoso contra la Selección de Cataluña. Siendo considerado el sucesor de Carlos Valderrama, en la selección tuvo la continuidad que esperaba y jugó varios partidos. Durante la Copa América, disputada en Colombia. Los "cafeteros", derrotaron en la final a su similar de México por un gol a cero, consiguiendo el prestigioso trofeo por primera vez en su história. No obstante esa gran campaña, Colombia no clasificó para la Copa Del Mundo Corea-Japón2002. Hernández, fue citado nuevamente a la selección que disputó la Copa FIFA Confederaciones 2003. Durante ese mismo año, Giovanni conformó un gran mediocampo en Deportivo Cali, jugando junto a Elkin Murillo y Jairo Patiño. Sin embargo, en la Copa Libertadores, los verdiblancos solo pudieron llegar hasta octavos de final